Я уже расстроился что надо будет писать свой агент, не хотелось уводить функционал из ядра, но при просмотре функции CSaleOrder::RemindPayment(), именно она отвечает за отправку сообщений, обнаружил, что разработчики разместили там событие OnOrderRemindSendEmail , вот как раз мы его и будем использовать для наших модификаций.
Стояла задача сделать вывод email с защитой от спам ботов, для этого я написал простой макрос по выводу адреса c помощью javascript.
Первое что необходимо сделать, это внести код макроса в файл custom.php, который находится в папке /classes/modules/ от корня сайта, прописываем в классе custom. Этот код принимает параметры почты и выводит из с помощью javascript.